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舟山市疾病預防控制中心為隸屬於舟山市衛生和計劃生育局的公益一類事業單位，主要承當全市疾病預防控制、突發公共衛生事件應急處置、衛生監測、衛生檢驗檢測、健康教育、科研培訓、疾控業務指導等工作。中心佔地20畝，建築面積6500平方米，其中實驗室用房3500平方米，另有輔助用房300平方米。中心內設4個職能科室和9個業務科室；核定編制51名，總員工60餘名。在編職工中，管理崗位聘7人（其中雙肩挑4人）、技術崗位聘45人，工勤崗位3人。技術崗位核定高級、中級、初級技術人員職稱比例4:4:2。現中心正高7人、副高12人、中級17人。中心入選省級「151」人才工程2名，入選市「111人才工程」專業技術人員5人,入選舟山市有突出貢獻的優秀專業技術人才2人，入選舟山市拔尖人才2名，入選市科技傑出青年4人，享受國務院特殊津貼1人。擁有液質聯用色譜儀、氣質聯用色譜儀、液相色譜儀、原子熒光分光光度計、離子色譜儀、原子吸收光譜儀、FACS流式細胞儀、全自動生化分析儀、全自動熒光定量PCR儀、自動細菌生化鑑定儀、全自動蛋白印跡儀等一批大型高精儀器設備，取得國家計量認證檢驗檢測能力共計25大類694項，其中非食品項目18大類428項、食品項目7大類266項。
中心持续推進科技創新，加強平台建設，與澳大利亞格里菲斯（Griffith）大學、中科院、浙大環資學院、浙大公共衛生學院、中國疾控中心、南昌大學、省醫科院、上海市疾控中心等10多個單位建立了合作平台，顺利获得對外合作研讨、人才培訓，使中心的科研水平得到了長足進步，位於全省同行前列。中心先後取得國家、省、市各類榮譽稱號四十餘項。
中心宗旨：貫徹預防為主，以「和諧、奮進、務實、創新」 為方針，為全市人民健康服務，為我市社會开展和經濟建設服務。
利用協同管理平台的業務生成器搭建人力資源管理，包括考勤管理，固定資產管理，合同管理模塊，很好的應用於企業組織管理，解決了企業簡單的業務辦理工作；顺利获得與用友U8系統集成應用，減少了系統數據的重複錄入，大大提升企業工作效率，數據呈現為領導決策给予了依據。相信南宫NG28建设協同管理軟件將成為舟山疾病預防控制中心信息化系統建設重要的一部分。
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